只要保證冷熱兩面間有足夠的溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以在瞬間完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當重要。由此可得，分子蒸餾的條件是：   
　　1、 殘余氣體的分壓要低，使殘余氣體的平均自由程長度是蒸餾器和冷凝器表面之間距離的倍數。  
　　2、 在飽和壓力下，蒸汽分子的平均自由程長度要與蒸發器和冷凝器表面之間距離具有相同的數量級。在這此合適的條件下，蒸發在沒有障礙的情況下從殘余氣體分子中發生。蒸汽分子在沒有遇到其它分子和返回到液體過程中到達冷凝器表面。蒸發速度在所處的溫度下達到可能的大值。蒸發速度與壓力成正比，因而，分子蒸餾的餾出液量相對較小。   
　　在SPE短程蒸餾中，冷凝器和加熱表面之間的距離約為20~50mm，殘余氣體的壓力為10-3mbar時，殘余氣體分子的平均自由程長度約為2倍長。短程蒸餾器能夠達到分子蒸餾條件。
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