短程分子蒸餾儀是利用液相中輕重組份分子逸出液相主體時分子自由程的差來實現分離。要實現分子蒸餾的基本條件是：輕組份分子逸出的分子自由程等于加熱面與冷凝面的距離，能正確到達內置冷凝器實現捕集，而重組份分子逸出的分子自由程要小于加熱面與冷凝面的距離，使其不到達內置冷凝器，也就是內置冷凝器只捕集輕組份的分子，實現輕重組份的分離。

　　短程分子蒸餾儀就是根據分子蒸餾的原理而設計的，是模擬分子蒸餾的模型，由于其加熱面和冷卻面的距離近，阻力小，故稱短程分子蒸餾器。由于內置冷凝器的作用，能把汽化的汽相液化，收縮體積，因此能維持設備內的高真空。短程分子蒸餾設備的操作真空可達0.1Pa，是其它蒸發、蒸餾設備無法達到的。因此，短程分子蒸餾儀系統的溫度可以達到200℃，適用于在常壓下高沸點，用普通分離方法不好分離的物料，作為一種新的液分離設備已應用于多行業。根據物料特性的不同，也有許多刮板形式的選擇，原理與刮板蒸發器相似。

　　短程分子蒸餾儀的處理能力：

　　由于短程分子蒸餾儀一般是用來處理沸點高的物料，通常粘度都較高，又通常是用導熱油加熱，因此分離能力也較小，根據物料的不同，分離能力為30-70kg/ m2.hr。